Заявление рассматривается на протяжении 45 рабочих дней со дня его регистрации. Данный срок при необходимости может быть продлен, но не более чем вдвое. Это происходит в том случае, когда возникает потребность в дополнительных измерениях (проводятся Министерством труда за счет средств федерального бюджета) или каких-либо изначально не предоставленных документах.
Итогом работы по рассмотрению разногласий является заключение. Если заявление работника признается удовлетворенным, в заключении предписывается бесплатное проведение повторной экспертизы качества СОУТ. Если основания для проведения такой экспертизы отсутствуют, это также отражается в заключении. Итоговый документ оформляется в 3 экземплярах, один из которых получает заявитель, второй поступает на хранение в Министерство труда, а третий – в тот исполнительный орган власти субъекта РФ, чье заключение экспертизы оспаривалось.
С 10 октября 2016 г. вступил в силу Приказ Министерства труда и социальной защиты РФ № 501н от 08.09.2016, регламентирующий процедуру рассмотрения разногласий по поводу проведения экспертизы качества СОУТ. Согласно приказу, если работник (работодатель, профсоюз и проч.) не согласен с ее результатами, он должен подать заявление в вышеупомянутое министерство. Предусмотрены три формы подачи заявления: в письменном виде лично, либо по почте с уведомлением, либо электронным документом через интернет, причем в этом случае документ непременно должен быть заверен электронной подписью. В ряде случаев заявителя могут дополнительно уведомить о необходимости предоставления копий документов, явившихся основанием для проведенной экспертизы.